یکی از موضوعاتی که در خصوص مسجد مورد تاکید ائمه و علما بوده است بحث حضور در مسجد و خالی نگذاشتن آن میباشد. بعضی از علما با تصریح از روایات ذیل آیه «انما یعمر مساجد الله ...» مصداق تعمیر و آبادانی مسجد را حضور در مسجد و رفت و آمد به آن میدانند البته حضوری همواره و مستمر و بدون فاصله زیاد منظور است همانند اختلاف شب و روز به طوری که هنوز از مسجد بیرون نیامده باید به فکر بازگشت باشد.
در جایی دیگر پیامبر اکرم به فرد نابینایی که رفت و آمد به مسجد برایش مشکل و طاقت فرسا بوده است پیشنهاد میکند که : «نخی از مسجد به منزل وصل کن تا بتوانی هر روز خودت را به جماعت برسانی و از برکات حضور در مسجد بهرهمند شوی و از خطرات دوری از مسلمین در امان باشی.» با این توصیه و تاکید پیامبر اکرم به فرد نابینا بر هر کس دیگری مبرهن است که باید نسبت به حضور در مسجد اهتمام ورزد.
در مورد کیفیت حضور مومنان در مسجد، پیامبر اکرم در قالب مثال زیبایی میفرمایند: «مومن در مسجد همانند ماهی در آب است و منافق در مسجد هممانند پرنده در قفس.»
در بیانات امام خمینی نیز مکررا به خالی نگذاشتن مسجد تاکید شده است: «اینها از مسجد میترسند. من تکلیفم را باید ادا کنم، به شما بگویم. شما دانشگاهیها، شما دانشجوها، همهتان مساجد را بروید پر کنید. سنگر است اینجا. سنگرها را باید پر کرد.»
حال هر فرد با توجه به شناختی که از جایگاه و آثار حضور در مسجد پیدا کرده است؛ غفلت کند و در مسجد حاضر نشود و رفت و آمد نداشته باشد اول از همه خود از برکات آن محروم میماند و در درجه دوم تاثیرات و برکاتی که این حضور بر اجتماع می گذارد؛ کاهش مییابد.